4. 조직

제1장(총회 사무국) KUPA 사무국을 두고, 목회관련사역 및 총무행정을 담당한다.

① 본 교단총회에는 운영을 목적으로 하는 별도의 하부 행정조직이 존재하지 않는다.
② 총회 사무국은 KUPA 회원의 모든 행정필요와 요구사항들을 직접 지원한다.
③ 총회 사무국과 목사고시위원회는 KUPA 목사안수 사역을 주관한다.
④ 사무총장은 사무국 업무를 운영하며 사역위원회의 당연직 위원장이 된다.
⑤ 총회의 경리업무를 위하여 외부전문 기관에 의뢰할 수 있다.

제2장(KUPA 지역회) KUPA 회원거주지 인근에 소재하는 KUPA 회원목사, 교회, 단체들의 상호친목과 목회협력을 지원하는 KUPA 지역조직이며 비행정기구이다.